Sådan søger du om adgang til Genomdatabasen

Du kan søge om adgang til Den Nationale Genomdatabase, hvis du udfører forskning inden for personlig medicin og og dit forskningsprojekt er godkendt af det videnskabsetiske komitesystem. Følg de 7 trin.

Ansøgningsforløb

Trin 1 – Inden du søger om adgang 

Inden du søger om adgang, skal du sikre dig, at du har fået godkendelse fra det videnskabsetiske komitesystem om adgang til data fra Den Nationale Genomdatabase.

Det betyder, at dit forskningsprojekt skal have en forskningsprotokol, der er godkendt af det videnskabsetiske komitesystem, hvor du beskriver, hvilke data du ønsker udstillet fra Den Nationale Genomdatabase.

Læs om anmeldelsespligten: Overblik over anmeldelsespligten | De Videnskabsetiske Komitéer (videnskabsetik.dk)

Vi kan kun behandle din ansøgning, hvis alle relevante godkendelser er vedlagt ansøgningsskemaet.

Trin 2 – Aftale med om brug af NGC's supercomputer 

Du skal have en aftale om, at dit forskningsprojekt anvender en NGC Cloud på vores supercomputer. Hvis du allerede har en aftale, kan du gå videre til trin 3. Hvis du ikke har en aftale, skal du sammen med dit ansøgningsskema om adgang til data fra Den Nationale Genomdatabase sende et ansøgningsskema om brug af vores supercomputer.

Læs mere om, hvordan du indgår en aftale om at bruge vores supercomputer. Søg om adgang (ngc.dk)

Trin 3 – Udfyld ansøgningsskemaet 

I ansøgningsskemaet skal du oplyse:

  • Hvis dit forskningsprojekt allerede har en aftale om at bruge vores supercomputer.
  • Om relevante godkendelser.
  • Hvilke data fra Den Nationale Genomdatabase, du ønsker adgang til.

Du skal sende dit ansøgningsskema til forskning@ngc.dk.

Vi gennemgår informationen og vurderer, om du har de korrekte godkendelser. Vi vender tilbage hurtigst muligt og senest indenfor 10 dage.

Den eventuelle ansøgning om at bruge vores supercomputer bliver vurderet sammen med din ansøgning om adgang til data fra Den Nationale Genomdatabase.

Trin 4 – Afklaringsmøde 

Når du har fået tilsagn om adgang til data fra Den Nationale Genomdatabase, bliver du indkaldt til et møde. Du oplyses om, hvordan du får stillet data til rådighed, og vi afklarer hvilke værktøjer, I har brug for, om I ønsker at kombinere data fra Den Nationale Genomdatabase med data genereret i jeres projekt, og om I har brug for bioinformatisk konsulentbistand mm.

På dette møde vil du kunne sparre med NGC’s rådgivere, så vi sikrer den optimale løsning for dit forskningsprojekt.

Trin 5 – Bestilling af isoleret analysemiljø til data fra Den Nationale Genomdatabase 

Data fra Den Nationale Genomdatabase bliver udstillet i et projektspecifikt isoleret analysemiljø til dit forskningsprojekt. På baggrund af afklaringsmødet skal du udfylde en bestillingsblanket, hvor du oplyser om dine ønsker til det isolerede analysemiljø. Vi sender til blanketten til dig efter afklaringsmødet.

Når du har udfyldt bestillingsblanketten, skal du sende den til forskning@ngc.dk.

Trin 6 – Aftaleindgåelse 

Før du kan få adgang til data fra Den Nationale Genomdatabase, skal der indgås en kontrakt mellem den forskningsansvarlige (PI), den autoriserede forskningsinstitution, som det pågældende forskningsprojekt er forankret i og os i Nationalt Genom Center. Kontrakten inkl. bilag indeholder information om alt fra brugervilkår til betalingsforpligtelser beskrevet.

Hvis du allerede har en aftale med os, sender vi et bilag til din nuværende kontrakt, der beskriver forholdene vedrørende Den Nationale Genomdatabase.

Trin 7 – Du får adgang til data fra Den Nationale Genomdatabasen 

Når aftalen er indgået, eller du har fået et bilag til din eksisterende aftale, sætte vi gang i processen med at give dig adgang til de ansøgte data fra Den Nationale Genomdatabase. Det vil du få yderligere information om.

Vi er ansvarlige for at identificere det ønskede data i Den Nationale Genomdatabase. Det data, der findes baseret på dine søgekriterier, bliver udstillet til dig i dit projektspecifikke isolerede analysemiljø. Du får besked, når data er klar. På det isolerede analysemiljø kan du arbejde med data med en lang række værktøjer, som er tilgængelige på supercomputeren, fx Samtools, BWA, GATK, VCFtools, Python, R, Nextflow, Snakemake, Anacondade og mange flere.

Læs mere om, hvordan data bliver stillet til rådighed: Retningslinjer for udstilling af data fra Den Nationale Genomdatabase og regler for hjemtagelse af analyseresultater

 

Når du har arbejdet med data fra Den Nationale Genomdatabase og har genereret analyseresultater, som du ønsker at hjemtage til fx publicering, skal du følge reglerne for hjemtagelse af analyseresultater. Alt data, der ønskes hjemtaget, skal hjemtagesvores hjemtagelsesprocedure.

Læs om hjemtagelsesproceduren og regler for hjemtagelse: Retningslinjer for udstilling af data fra Den Nationale Genomdatabase og regler for hjemtagelse af analyseresultater

Du skal sende en formular om hjemtagelse af analyseresultater til forskning@ngc.dk.

Find formularen her: Formular til hjemtagelse af analyseresultater

Alle filer, du ønsker at hjemtage fra dit projektspecifikke isoleret analysemiljø, skal kontrolleres af os, før de frigives til hjemtagelse. Vi kontrollerer, at filerne overholder reglerne for hjemtagelse af analyseresultater og stemmer overens med dit forskningsprojekts godkendelser.

Overtrædelse af reglerne kan betyde lukning af data og brugeradgange for dig og dit forskningsprojekt.

I tilfælde af du mener, at regler kan være overtrådt, skal du kontakte NGC Forskerservice hurtigst muligt på forskning@ngc.dk

Det er gratis at få udstillet data fra Den Nationale Genomdatabase. Men du skal betale for storage og compute forbrug i dit projektspecifikke isoleret analysemiljø, jf. vores prismodel. Forbrug i et isoleret analysemiljø faktureres som en NGC-managed cloud.

Der et administrationsgebyr på 5.000 kr., hvis du ikke allerede har en aftale om at bruge vores supercomputer. Du kan finde priserne for 2024 her: NGC Forskerservice