Processen foregår manuelt ved at udfylde en anmodningsblanket (se til højre for denne tekst), som sendes til NGC. Herefter fremfindes data af NGC’s personale hvorefter det overføres til brugerens regionale server ved en sikker dataoverførsel.
I fremtiden påtænkes løsningen mere automatiseret, hvor brugeren logger på NGC’s infrastruktur og kommunikerer direkte med en systembruger, som har adgang til genomdatabasen, og som kan udlevere arbejdskopien til brugeren, forudsat at brugeren har de fornødne tilladelser.
Formål
At gøre det muligt for kliniske afdelinger at få udleveret en arbejdskopi fra Den Nationale Genomdatabase af eget indberettet data via en manuel proces. Dermed gøres det muligt for afdelingen at slette lokale kopier og spare storage-omkostninger.
Forudsætninger
Brugeren skal udfylde og sende anmodningsblanket til NGC på support@ngc.dk.
Brugeren skal tilhøre samme afdeling eller brugergruppe, som den person, som indberettede data til Den Nationale Genomdatabase.
Brugerens region og afdeling skal have en sikker dataforbindelse med NGC, typisk via Uplink. Alle indberettende afdelinger er allerede konfigureret af NGC på forhånd ift. denne løsning til udlevering af arbejdskopi.
Udlevering af arbejdskopi er kun til klinisk brug; brugeren indestår selv for hjemmel til at få udleveret data, og denne tjekkes ikke af NGC.
Begrænsninger
Dette er første version med begrænset funktionalitet, herunder:
Der udleveres kun arbejdskopi af eget indberettet data. Såfremt en kliniker skal bruge data, som er indberettet af andre, skal klinikeren henvende sig til indberetter, som så anmoder om arbejdskopi. NGC kan ved behov oplyse om indberettende afdeling.
Der er p.t. kun indberettet FASTQ-filer til GDB. Den udleverede arbejdskopi kan være SPRING-komprimeret. NGC kan bistå med script til dekomprimering på brugerens egen server.
Der tilbydes ikke direkte adgang til GDB; løsningen kan ikke benyttes eller integreres i et eventuelt produktions-flow.
Løsningen er i første version prioriteret til, at indberetter kan slette lokale kopier af indberettet data. Den er ikke optimeret for performance eller volumen/batch-anmodninger (mange antal filer på samme tid), og der er ikke etableret en Service Level Agreement (SLA). Der kan kun rekvireres få filer (max ca. 20) ad gangen.
Der kan ikke søges på metadata eller efter filer i Den Nationale Genomdatabase. NGC kan dog assistere med dette i særlige tilfælde ved henvendelse.
Brugere
På anmodningsblanketten udfyldes brugers kliniske afdeling, og hvilken afdeling, som har indberettet data. NGC tjekker herefter manuelt om data må udleveres til brugeren.
NGC undersøger ikke, om brugeren har hjemmel til at få udleveret data.
Planer
En semi-automatiseret proces er på tegnebrættet for NGC’s udviklingsenhed. Erfaringer og feedback med denne første version af løsningen vil medtages i videreudviklingen af næste version. Udvikling af næste version skal prioriteres igennem NGCs governance for Den Nationale Genomdatabase.