Principperne for finansiering af strategiens indsatser fremgår af National Strategi for Personlig Medicin 2021-2022:
Staten finansierer driften af det Nationale Genom Center og varetagelsen af relevante myndighedsopgaver, herunder opgaver inden for etik, jura, datasikkerhed og -ansvar m.v. Regeringen havde i perioden 2017-2020 afsat 100 mio. kr. bl.a. til disse formål. Nationalt Genom Center har modtaget en permanent videreførelse af bevillingen fra 2021 og frem på forslag til finanslov for finansåret 2021.
Novo Nordisk Fonden bevilgede i 2019 godt 1 mia. kr. til udvikling og opbygning af Nationalt Genom Center, herunder til 60.000 genetiske analyser af danske patienter.
De fem regioner bidrager med eksisterende midler til den nationale strategi ved prioritering inden for de eksisterende økonomiske rammer. Midlerne dækker personalerelaterede omkostninger til fortolkning af resultater og rådgivning af patienter i forbindelse med 60.000 helgenomsekventeringer fra Nationalt Genom Center.
Myndighedsopgaver og dataansvar varetages og finansieres dermed i offentligt regi.
Private fondes medfinansiering giver ikke fondene særlig adgang til de data, der genereres i forbindelse med implementeringen af strategien.