Vejledning til rekvirering af patienter til diagnostisk helgenomsekventering
Læger kan rekvirere diagnostisk helgenomsekventering (WGS) ved Nationalt Genom Center (NGC) for specifikke patientgrupper. Du kan se de udvalgte patientgrupper og hvilke kriterier og indikationer, der gælder for den enkelte patientgruppe, her.
Hvis du vil vide, hvordan patientgrupperne er udvalgt og om de nationale specialistnetværk, der har udarbejdet de faglige anbefalinger for de udvalgte patientgrupper, kan du læse mere her.
Selve prøvebehandlingen og sekventeringen foregår på NGCs to sekventeringsfaciliteter: NGC WGS Øst og NGC WGS Vest. Hvilken sekventeringsfacilitet, der sekventeres på, afhænger af rekvirentens tilhørsregion. Nedenfor kan du se, om du skal anvende NGC WGS Øst eller NGC WGS Vest:
|
Region
|
Sekventeringsfacilitet
|
|
Region Sjælland
Region Hovedstaden
|
NGC WGS Øst
|
|
Region Nord
Region Midt
Region Syd
|
NGC WGS Vest
|
Samtykke
Før man kan fremsende rekvisition og prøvemateriale skal alle de, der skal sekventeres, have udfyldt en samtykkeerklæring – denne skal arkiveres hos rekvirenten. Rekvirenten bør desuden være opmærksom på, at der vil forekomme stikprøvekontrol af samtykke.
I forbindelse med samtykkeerklæringen er der udformet patientinformationsmateriale med information om analysen, samt blanket til vævsanvendelsesregisteret, ifald den givne person ikke ønsker at de genetiske oplysninger bruges til forskning. Se desuden patientinformation for yderligere information.
Rekvireringsvejledning
Der skal udfyldes en rekvisitionsblanket for hver person, der skal sekventeres. Der findes en rekvisitionsblanket for hver patientgruppe og en for hver sekventeringsfacilitet. De ses her:
Find rekvisitionsblanket for Region Hovedstaden og Region Sjælland
Find rekvisitionsblanket for Region Syddanmark, Region Midtjylland og Region Nordjylland
Den fortolkende afdeling skal fremgå af den udfyldte rekvisitionsblanket.
Rekvirering i sundhedsplatformen og EPJ
Der kan rekvireres i sundhedsplatformen og EPJ ved brug af følgende oplysninger:
|
Region
|
Platform
|
Oplysninger
|
|
Region Sjælland og Region Hovedstanden
|
Sundhedsplatformen
|
GENOMSEKVENTERING NGC (ENG. WGS); DNA
Kode: EPC00258
|
|
Region Midt
|
EPJ
|
DNA-Genom
NPU nr.: NPU59043
|
|
Region Nord og Region Syd
|
Under afklaring
|
Der skal altid udfyldes en rekvisitionsblanket for hver prøve, der skal sekventeres, selvom der rekvireres i sundhedsplatformen eller i EPJ.
Ved spørgsmål til rekvirering kontakt venligst den givne sekventeringsfacilitet.
Information om forsendelsesmateriale
Der modtages som udgangspunkt kun nedenstående materialetyper, men der kan i enkelte tilfælde aftales forsendelse af andre materialetyper. Dette aftales direkte med sekventeringsfaciliteten.
Materialetyper, prøvetagning og forsendelsestemperatur
|
Materialetype
|
Prøvetagning
|
Forsendelsestemperatur
|
|
Blod
|
Prøver skal sendes i 2x 2 mL eller 2x 4mL EDTA. Ved neonatale, akut syge børn og patienter, hvor venepunktur er udfordrende, kan 2x 500µL EDTAblod fremsendes.
|
Stuetemperatur
|
|
DNA
|
Ifald der ikke kan fremsendes blod, eller ifald hudbiopsier/fibroblastkulturer bruges som germline, kan man fremsende DNA.
Ved fremsendelse af DNA skal der fremsendes minimum 2 µg DNA i minimum 20uL.
DNA skal være resuspenderet i H2O eller buffer indeholdende <1mM EDTA. Den resuspenderende væske skal være fri for phenol, ethanol og andre organiske opløsningsmidler.
Rent DNA forventes at ligge i følgende områder for UV absorbans; 260/280: 1,8-2, samt 260/230: 2-2,2
DNA koncentration ønskes på minimum 15 ng/µL og min. 10uL, ønsket bestemt via fluorescensbaseret metode.
|
Stuetemperatur
|
|
Væv
|
Det anbefales at fremsende to biopsier.
Biopsier modtages som fresh frozen eller i RNAlater. For begge er det gældende, at der ønskes så lidt normalvæv som muligt.
Specielt for RNAlater;
Det anbefales, at biopsien tages med grovnål, hvis nødvendigt kan der bruges en finnål. Biopsien må max være 5 mm tyk. 2 min efter udtagning overføres prøven til et separat glas med RNAlater. Glasset vendes, så biopsien er omgivet af væske. Det ønskes ikke miliporepapir i glasset.
Specielt for fresh frozen;
Der ønskes 0,1 – 1 g tumor væv, fryses direkte.
|
RNAlater:
Stuetemperatur
Fresh frozen:
Sendes på is
|
|
Kindskrab
|
Til DNA-prøve ved kindskrab anbefales at bruge: VWR Varenr. 710-0527
1. Hver person skal bruge 2 børster (alternativt kan der bruges to vatpinde).
2. Børsten pakkes ud. Børstehovedet må ikke berøres.
3. Børsten bruges på indersiden af kinden. Der børstes med hver børste i alt ca. 30 sekunder med cirkulære bevægelser. Brug hele børstehovedets omkreds. Der skal børstes fast, men uden at det gør ondt.
4. Børsten anbringes i rør, og punkt 2 og 3 gentages, indtil begge børster er brugt. Brug et nyt sted på indersiden af kinden hver gang.
|
Stuetemperatur
|
|
Knoglemarv
|
Ved fremsendelse af knoglemarv fremsendes minimum 1 mL marv, som overføres til EDTA blodprøveglas. Efter prøvetagning opbevares prøverne straks på is.
|
Sendes på is
|
Ovenstående skema kan findes som PDF til udprintning.
Mærkning af prøver
Alle prøver mærkes tydeligt med CPR-nummer og navn, på nær DNA prøver, hvor navn kan undlades.
Information om forsendelse
Prøvemateriale til diagnostisk analyse skal pakkes i henhold til ADR-konventionen. Det er afsenderens ansvar at sikre, at prøven er pakket korrekt og afsendes ved korrekt temperatur (se venligst under afsnittet "Materialetyper, prøvetagning og forsendelsestemperatur").
Ved afsendelse til NGC WGS Øst bedes udfyldte rekvisitionsblanketter sendes med prøverne.
Ved afsendelse til NGC WGS Vest kan udfyldte rekvisitionsblanketter sendes med prøverne eller sendes elektronisk via mail.
Prøverne afleveres eller sendes med almindelig post, fragtmand eller kurer til den relevante sekventeringsfacilitet.
Adresseoplysninger for hver facilitet findes her.
Trinvis vejledning
Vejledningen er gældende for alle individer, der skal sekventeres i NGC.
- Det sikres, at patienten opfylder kriterier og indikationer.
- Information om helgenomsekventeringen fremlægges for patienten.
- Samtykke indhentes og arkiveres lokalt.
- Information om vævsanvendelsesregisteret fremlægges for patienten.
- Inden prøvetagning kontrolleres, hvilket materiale der ønskes, samt hvordan prøvetagning ønskes.
- Prøven/prøverne tages og rør mærkes med CPR-nummer og navn.
- Rekvisitionsseddel udfyldes og sendes til den givne sekventeringsfacilitet.
- Analysen bestilles, evt. i det lokale system.
- Prøverne sendes til sekventeringsfaciliteterne ved rette temperatur.
- Svar afgives fra lokal fortolker identificeret på rekvisitionsseddel.
Analyseoplysninger
I WGS faciliteterne (WGS Øst og WGS Vest) udfører vi state-of-the-art helgenomssekventering (også kaldet genomsekventering eller whole genome sequencing (WGS)) under akkrediterede forhold.
Helgenomsekventering er en analysemetode, hvor DNA sekventeres vha. massive parallel sekventeringsteknologien. Teknologien er også kaldet Next Generation Sequencing (NGS). Hos begge WGS faciliteter bruges der pt. Illuminas platform til sekventering.
Efter endt sekventering sendes data via sikker forbindelse til NGC’s HPC, hvor den bioinformatiske processering foregår. Herefter bliver data kvalitetstjekket, før data frigives til den fortolkende afdeling, som udarbejder et patientsvar.
Fra modtagelse af prøve og rekvisition og til data er frigivet til fortolkning, går der maximalt 30 dage, og der tilbydes ikke mulighed for hastespor til hasteprøver pt.